El juego fue desarrollado y publicado por Capcom en colaboración con la desarrolladora sueca GRIN (conocido por Ballistics y la versión de Microsoft Windows de Tom Clancy's Ghost Recon Advanced Warfighter serie) y producida por Ben Judd.
En Bionic Commando regresa Nathan "Rad" Spencer, biónicamente mejorado. Diez años después de la victoria sobre los Imperiales en el juego original, se ve traicionado por su gobierno, encarcelado por crímenes que no cometió y sentenciado a muerte.
El día de la ejecución, unos terroristas provocan la detonación de un arma de destrucción masiva en Ascension City desencadenando un violento terremoto que destruye toda la ciudad.
Los terroristas toman el control de la zona de defensa aérea de la ciudad por lo que la FSA se ve obligada a enviar al comando biónico.
A continuación los Trucos de Bionic Commando:
- Arriba, Izquierda, A, Y, Arriba, Abajo, Izquierda, Derecha, X, B, A, Abajo, B, Y, Start.: Desbloquea el traje retro
- Encuéntrate con la aniquilación (20): Mata todos los soldados de a pié y camiones enemigos en una secuencia Encontrarse con el Enemigo
- Las nuevas ropas del emperador (20): Obtén los Guardas Shin, el chaleco antibalas y el casco
- Arsenal privado (20): Obtén todas las armas y mejoras
- Más rápido que una bala (20): Bloquea 100 proyectiles usando la garra
- Una docena de Yashichis (20): Colecciona los doce Yashichis escondidos, uno en cada área de la 1 a la 12
- Limpio como un silbido (20): Completa el área 02 sin tocar ninguna gota de lodo
- Orgullo pacifista (20): Completa una de las áreas de la 1 a la 12 sin disparar tu pistola
- Ladrón de gatos (20): Llega al jefe del área 05 en un minuto y treinta segundos
- Un desafío real (20): Adquiere al menos una estrella en cada una de las salas de desafío 1-56
- H4><0rz (10): Jaquea a través de los juegos de Hawking en difícil
- Coleccionista Intel (5): Adquiere todos los logs de la base de datos
- Comando de élite (5): Completa el juego en superdifícil
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